MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI4T8 complete sequence

Total Repeats: 438

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020534	TGA	2	6	206	211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816272
2	NC_020534	ACAT	2	8	272	279	50 %	25 %	0 %	25 %	469816272
3	NC_020534	TTAAAC	2	12	427	438	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	469816272
4	NC_020534	AAGA	2	8	506	513	75 %	0 %	25 %	0 %	469816272
5	NC_020534	TA	3	6	577	582	50 %	50 %	0 %	0 %	469816272
6	NC_020534	CAT	2	6	638	643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816272
7	NC_020534	TCA	2	6	908	913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816273
8	NC_020534	TAG	2	6	941	946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816273
9	NC_020534	ATT	2	6	1012	1017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816273
10	NC_020534	CTTA	2	8	1095	1102	25 %	50 %	0 %	25 %	469816273
11	NC_020534	ATC	2	6	1104	1109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816273
12	NC_020534	GCA	2	6	1186	1191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816273
13	NC_020534	CAT	2	6	1202	1207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816273
14	NC_020534	T	7	7	1253	1259	0 %	100 %	0 %	0 %	469816273
15	NC_020534	TGA	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816273
16	NC_020534	T	6	6	1460	1465	0 %	100 %	0 %	0 %	469816273
17	NC_020534	AAT	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816273
18	NC_020534	AGTA	2	8	1583	1590	50 %	25 %	25 %	0 %	469816273
19	NC_020534	TTC	2	6	1638	1643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
20	NC_020534	ATT	2	6	1690	1695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816273
21	NC_020534	TGT	2	6	1711	1716	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816273
22	NC_020534	TTC	2	6	1758	1763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
23	NC_020534	TTC	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
24	NC_020534	TAGA	2	8	1866	1873	50 %	25 %	25 %	0 %	469816273
25	NC_020534	AC	3	6	1889	1894	50 %	0 %	0 %	50 %	469816273
26	NC_020534	T	6	6	1896	1901	0 %	100 %	0 %	0 %	469816273
27	NC_020534	CCA	2	6	2014	2019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816273
28	NC_020534	GC	3	6	2116	2121	0 %	0 %	50 %	50 %	469816273
29	NC_020534	AAT	2	6	2148	2153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816273
30	NC_020534	AGT	2	6	2200	2205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816273
31	NC_020534	TCA	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816273
32	NC_020534	AGC	2	6	2280	2285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816273
33	NC_020534	AC	3	6	2300	2305	50 %	0 %	0 %	50 %	469816273
34	NC_020534	CCAT	2	8	2320	2327	25 %	25 %	0 %	50 %	469816273
35	NC_020534	ATA	2	6	2356	2361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816273
36	NC_020534	ATT	2	6	2392	2397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816273
37	NC_020534	CTT	2	6	2423	2428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
38	NC_020534	ACA	2	6	2518	2523	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469816273
39	NC_020534	ATG	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816273
40	NC_020534	TCA	2	6	2576	2581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816273
41	NC_020534	TCT	2	6	2692	2697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
42	NC_020534	TAG	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816273
43	NC_020534	T	6	6	2763	2768	0 %	100 %	0 %	0 %	469816273
44	NC_020534	TCT	2	6	2785	2790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
45	NC_020534	TTC	2	6	2889	2894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
46	NC_020534	TCT	2	6	3040	3045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816273
47	NC_020534	CAT	2	6	4132	4137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816274
48	NC_020534	TTAA	2	8	4206	4213	50 %	50 %	0 %	0 %	469816274
49	NC_020534	TAT	2	6	4228	4233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816274
50	NC_020534	T	6	6	4256	4261	0 %	100 %	0 %	0 %	469816274
51	NC_020534	TTTA	2	8	4295	4302	25 %	75 %	0 %	0 %	469816274
52	NC_020534	AGC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816274
53	NC_020534	T	6	6	4337	4342	0 %	100 %	0 %	0 %	469816274
54	NC_020534	TAATT	2	10	4359	4368	40 %	60 %	0 %	0 %	469816274
55	NC_020534	GTT	2	6	4420	4425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816274
56	NC_020534	T	6	6	4430	4435	0 %	100 %	0 %	0 %	469816274
57	NC_020534	TAT	2	6	4474	4479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816274
58	NC_020534	ATC	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816274
59	NC_020534	T	6	6	4589	4594	0 %	100 %	0 %	0 %	469816274
60	NC_020534	TTA	2	6	4602	4607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816274
61	NC_020534	TTGAAG	2	12	4648	4659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816274
62	NC_020534	T	8	8	4745	4752	0 %	100 %	0 %	0 %	469816274
63	NC_020534	CAATTA	2	12	4813	4824	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	469816274
64	NC_020534	AAT	2	6	4884	4889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816274
65	NC_020534	TAT	2	6	4920	4925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
66	NC_020534	AAG	2	6	4936	4941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816275
67	NC_020534	TTA	2	6	4959	4964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
68	NC_020534	TTA	2	6	5004	5009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
69	NC_020534	T	6	6	5010	5015	0 %	100 %	0 %	0 %	469816275
70	NC_020534	CTT	2	6	5076	5081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816275
71	NC_020534	TC	3	6	5113	5118	0 %	50 %	0 %	50 %	469816275
72	NC_020534	TAA	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
73	NC_020534	AAT	2	6	5139	5144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
74	NC_020534	AAGT	2	8	5162	5169	50 %	25 %	25 %	0 %	469816275
75	NC_020534	CATAA	2	10	5184	5193	60 %	20 %	0 %	20 %	469816275
76	NC_020534	ACC	2	6	5196	5201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816275
77	NC_020534	ATA	2	6	5257	5262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
78	NC_020534	TTA	2	6	5290	5295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
79	NC_020534	TTA	2	6	5322	5327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
80	NC_020534	A	7	7	5374	5380	100 %	0 %	0 %	0 %	469816275
81	NC_020534	GATAC	2	10	5388	5397	40 %	20 %	20 %	20 %	469816275
82	NC_020534	A	8	8	5415	5422	100 %	0 %	0 %	0 %	469816275
83	NC_020534	AT	3	6	5480	5485	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
84	NC_020534	AT	3	6	5537	5542	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
85	NC_020534	TCT	2	6	5605	5610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816275
86	NC_020534	TAT	3	9	5612	5620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
87	NC_020534	AAAG	2	8	5650	5657	75 %	0 %	25 %	0 %	469816275
88	NC_020534	TAA	2	6	5699	5704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
89	NC_020534	TAT	2	6	5741	5746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
90	NC_020534	T	6	6	5769	5774	0 %	100 %	0 %	0 %	469816275
91	NC_020534	AT	3	6	5782	5787	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
92	NC_020534	CATT	2	8	5793	5800	25 %	50 %	0 %	25 %	469816275
93	NC_020534	AGA	2	6	5826	5831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816275
94	NC_020534	TTAA	2	8	5832	5839	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
95	NC_020534	AAG	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816275
96	NC_020534	A	6	6	5859	5864	100 %	0 %	0 %	0 %	469816275
97	NC_020534	AATT	2	8	5872	5879	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
98	NC_020534	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	469816275
99	NC_020534	ATTATA	2	12	5956	5967	50 %	50 %	0 %	0 %	469816275
100	NC_020534	GAA	2	6	6053	6058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816275
101	NC_020534	AAAG	2	8	6084	6091	75 %	0 %	25 %	0 %	469816275
102	NC_020534	ATTT	2	8	6126	6133	25 %	75 %	0 %	0 %	469816275
103	NC_020534	ATG	2	6	6166	6171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816275
104	NC_020534	ACTCA	2	10	6315	6324	40 %	20 %	0 %	40 %	469816275
105	NC_020534	AATTA	2	10	6328	6337	60 %	40 %	0 %	0 %	469816275
106	NC_020534	TAA	2	6	6341	6346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
107	NC_020534	TGGA	2	8	6372	6379	25 %	25 %	50 %	0 %	469816275
108	NC_020534	ATG	2	6	6429	6434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816275
109	NC_020534	A	6	6	6456	6461	100 %	0 %	0 %	0 %	469816275
110	NC_020534	TCT	2	6	6477	6482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816275
111	NC_020534	ATT	2	6	6485	6490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
112	NC_020534	ACAGGT	2	12	6528	6539	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	469816275
113	NC_020534	TAA	2	6	6557	6562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816275
114	NC_020534	GGT	2	6	6565	6570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	469816275
115	NC_020534	TAT	2	6	6603	6608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816275
116	NC_020534	A	6	6	6667	6672	100 %	0 %	0 %	0 %	469816275
117	NC_020534	AAATTT	2	12	7379	7390	50 %	50 %	0 %	0 %	469816276
118	NC_020534	TTG	2	6	7513	7518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816276
119	NC_020534	TAGA	2	8	7528	7535	50 %	25 %	25 %	0 %	469816276
120	NC_020534	TAA	2	6	7580	7585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816276
121	NC_020534	AGA	2	6	7610	7615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816276
122	NC_020534	GCA	2	6	7671	7676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816276
123	NC_020534	TTC	2	6	7712	7717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816276
124	NC_020534	GTC	2	6	7759	7764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469816276
125	NC_020534	TAAA	2	8	7774	7781	75 %	25 %	0 %	0 %	469816276
126	NC_020534	AAT	2	6	7893	7898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816276
127	NC_020534	ATAA	2	8	7912	7919	75 %	25 %	0 %	0 %	469816276
128	NC_020534	ATGA	2	8	8041	8048	50 %	25 %	25 %	0 %	469816277
129	NC_020534	ATC	2	6	8068	8073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816277
130	NC_020534	AAG	2	6	8184	8189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816277
131	NC_020534	ATG	2	6	8256	8261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816277
132	NC_020534	ATT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816277
133	NC_020534	ATT	2	6	8280	8285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816277
134	NC_020534	AAAAGA	2	12	8287	8298	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	469816277
135	NC_020534	ATG	2	6	8327	8332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816277
136	NC_020534	AG	3	6	8413	8418	50 %	0 %	50 %	0 %	469816277
137	NC_020534	TA	3	6	8475	8480	50 %	50 %	0 %	0 %	469816277
138	NC_020534	CTTTA	2	10	8490	8499	20 %	60 %	0 %	20 %	469816277
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272	NC_020534	GAA	2	6	15022	15027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816282
273	NC_020534	AATAT	2	10	15065	15074	60 %	40 %	0 %	0 %	469816282
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397	NC_020534	AAT	2	6	27347	27352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816290
398	NC_020534	AGA	2	6	27354	27359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816290
399	NC_020534	GGCT	2	8	27402	27409	0 %	25 %	50 %	25 %	469816290
400	NC_020534	TTC	2	6	27410	27415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816290
401	NC_020534	ATC	2	6	27470	27475	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816290
402	NC_020534	TTC	2	6	27560	27565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816290
403	NC_020534	CCA	2	6	28167	28172	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816291
404	NC_020534	TAA	2	6	28188	28193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816291
405	NC_020534	GCT	2	6	28227	28232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469816291
406	NC_020534	T	6	6	28234	28239	0 %	100 %	0 %	0 %	469816291
407	NC_020534	CAC	2	6	28316	28321	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816291
408	NC_020534	GAT	2	6	28343	28348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816291
409	NC_020534	TGA	2	6	28354	28359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816291
410	NC_020534	ACC	2	6	28398	28403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816291
411	NC_020534	ATAG	2	8	28463	28470	50 %	25 %	25 %	0 %	469816291
412	NC_020534	CTTGA	2	10	28484	28493	20 %	40 %	20 %	20 %	469816291
413	NC_020534	TCC	2	6	28613	28618	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	469816291
414	NC_020534	CCA	2	6	28671	28676	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816291
415	NC_020534	AAG	2	6	28750	28755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816291
416	NC_020534	CTT	2	6	28857	28862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816292
417	NC_020534	ATC	2	6	28867	28872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816292
418	NC_020534	CTTT	2	8	29030	29037	0 %	75 %	0 %	25 %	469816292
419	NC_020534	AACT	2	8	29058	29065	50 %	25 %	0 %	25 %	469816292
420	NC_020534	TA	3	6	29126	29131	50 %	50 %	0 %	0 %	469816292
421	NC_020534	ATAAA	2	10	29153	29162	80 %	20 %	0 %	0 %	469816292
422	NC_020534	TAGG	2	8	29181	29188	25 %	25 %	50 %	0 %	469816292
423	NC_020534	ATTC	2	8	29223	29230	25 %	50 %	0 %	25 %	469816292
424	NC_020534	AAC	2	6	29270	29275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469816292
425	NC_020534	T	6	6	29305	29310	0 %	100 %	0 %	0 %	469816292
426	NC_020534	ACA	2	6	30039	30044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469816293
427	NC_020534	TG	3	6	30045	30050	0 %	50 %	50 %	0 %	469816293
428	NC_020534	CAA	2	6	30180	30185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469816293
429	NC_020534	GCA	2	6	30221	30226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816293
430	NC_020534	CTTTA	2	10	30277	30286	20 %	60 %	0 %	20 %	469816293
431	NC_020534	TCC	2	6	30311	30316	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	469816293
432	NC_020534	TACC	2	8	30324	30331	25 %	25 %	0 %	50 %	469816293
433	NC_020534	CAG	2	6	30357	30362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816293
434	NC_020534	T	7	7	30384	30390	0 %	100 %	0 %	0 %	469816293
435	NC_020534	TGC	2	6	30469	30474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469816293
436	NC_020534	TTAC	2	8	30503	30510	25 %	50 %	0 %	25 %	469816293
437	NC_020534	T	6	6	30544	30549	0 %	100 %	0 %	0 %	469816293
438	NC_020534	T	7	7	30646	30652	0 %	100 %	0 %	0 %	469816293

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.